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华大基因

浏览次数: 发表日期:2018-03-14

(一)合作企业

华大基因

(二)合作内容

2014年,联合华大基因在天河超级计算机上成功设计、研发了一条“人类全基因组重测序软件流水线”,该流水线可以在4小时内完成2000个人(30X, 300TB)的全基因组重测序数据分析,从前在1台商用服务器上至少需要8个月的时间,获得了1200倍的加速比。该成果获得2014年全国并行应用挑战赛( PAC 2014)金奖“第一名”。该成果在临床医药研究(癌症、埃博拉病毒、艾滋病、白血病等)、群体遗传学研究、关联分析、进化分析等诸多领域有着广泛的应用。相关论文发表在《自然》子刊等刊物上,软件工具的总下载量已经超过2700余次,还申请了一系列专利和软件著作权。

由彭绍亮博士具体负责的 “天河”生物医药大数据团队自2010年以来,已经针对生命科学大数据问题研发了一系列平台和软件工具,这其中包括SOAP系列软件、mD3DOCKxb虚拟药物筛选平台等。获得了国际、国内业内同行的好评和系列奖项,这其中还包括:国际电气和电子工程师协会“可扩展计算挑战赛”2015决赛奖(IEEE International Scalable Computing Challenge, SCALE 2015- -Finalist Awards),国际遗传工程的机器设计竞赛单项奖和金牌(The International Genetically Engineered Machine - iGEM competition 2014, 2015)等。该团队主要面向复杂疾病诊治和预防(癌症、艾博拉、镰状细胞贫血、ß地中海盆血症、 囊性纤维化等)、药物设计、个性化医疗、 动植物育种、食品安全等国际民生的健康问题,针对世界3大顶级基因测序机构--华大基因、中科院上海药物所等在科研和生产中亟待解决的生物医药大数据计算问题,结合“天河”特有的大规模异构体系结构和并行计算环境。有效缩短了生物信息大数据的计算处理时间,降低了研发成本,帮助华大基因等单位解决了系列生命科学大数据计算难题。目前唐氏儿基因产前诊断等技术已经获得国家临床应用和推广,相关研究成果还在《自然》、《科学》、《细胞》等国际顶级期刊发表,申请多项专利和软件著作权。

目前,国家超算长沙中心在基因工程、药物设计、脑科学等生命科学领域发挥着越来越大的作用。随着高性能计算技术在商业领域的普及应用,以及大数据、人工智能技术的出现,生物医药行业迎来了更为广阔、更具想象力的成长空间。希望长沙超算中心能持续加速生物医药大数据的分析和计算过程,全面助力整个生命科学领域的发展。、埃博拉病毒、艾滋病、白血病等)、群体遗传学研究、关联分析、进化分析等诸多领域有着广泛的应用。相关论文发表在《自然》子刊等刊物上,软件工具的总下载量已经超过2700余次,还申请了一系列专利和软件著作权。