一、平台简介
生物医药大数据主要来源于生产研发、医疗服务和产业服务三个版块。研发数据：主要指药企或科研机构进行研发获得的数据，包括从先导化合物筛选、临床前、I-III期临床、IV期临床、上市后疗效副作用跟踪等数据。
生物医药涉及分子生物学、结构生物学、细胞生物学、系统生物学、生物信息学、化学信息学、药物信息学、基因组学、转录组学和蛋白组学等多个生命科学与医药相关学科的研究，可以帮助用户快速从海量化合物库寻找先导化合物，能够从原子、分子、细胞、组织、器官、个体、群体和系统等多个尺度系统地解决生物医药中的各种问题，研究致病机制、不同空间尺度和时间尺度上生命活动与环境的相互关系，从而揭示生命现象、疾病和药物作用机制的规律和本质。本平台通过软硬件相结合，打造一个集化学信息学、生物信息分析，药物设计和筛选，医学大数据分析、生物医药数据挖掘和大数据在生物医药应用的一站式服务平台，为新药研发、精准医疗、组学研究、生物信息学、医药信息学和相关学术研究提供服务和技术支持。
二、技术特点
在本平台上可进行量化计算、化学信息学开发、蛋白设计、生物大分子的结构模拟与功能预测、药物设计和药物虚拟筛选、蛋白质结构预测及相互作用网络分析、生物信息学相关软件部署使用、医疗健康大数据的分析、信息挖掘、医药和医疗健康相关的AI模型开发等多种分析与研究。在本平台上的分析与研究将涉及多种方法学的使用，如分子动力学、第一性原理、字符串处理、图论、贝叶斯模型、高斯混合模型、马尔可夫预测模型、逻辑回归、支持向量机、决策树、卷积神经网络、循环神经网络等机器学习和深度学习模型。为提高分析和研究效率，有效利用超算中心计算资源，本平台所安装的部分软件拥有并行计算能力，可利用多CPU核、多GPU核、多计算节点和MIC加速卡进行计算，缩短计算和分析研究时间。
三、服务对象
四、平台内容
化学信息学
分类 |
软件名称 |
版本 |
免费开源/商业 |
软件功能特点 |
化学信息学 |
CDK |
2.1 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学与机器学习 |
RDKit |
2019.03.03 |
免费开源 |
化学信息学与机器学习 |
化学信息学 |
Open Babel |
2.4.1 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
Cinfony |
1.2 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
Indigo |
1.3.0 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
ChemoPy |
1 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
ChemmineR |
3.6 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
Chemkit |
|
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学与深度学习 |
DeepChem |
2.1 |
免费开源 |
化学信息学与机器学习 |
化学信息学 |
BALL |
1.4 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
chemf |
2012 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
chemfp |
3.3 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
ChemmineR |
3.36 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
CurlySMILES |
|
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
DisCuS |
2.1.9 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
MayaChemTools |
|
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
Mychem |
|
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
ODDT |
|
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
OPSIN |
2.4 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
OrChem |
|
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
rcdk |
3.4.7 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
fmcsR |
1.26 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
SMSD |
1.7 |
免费开源 |
化学信息学 |
化学信息学 |
MolGears |
3 |
免费开源 |
化学信息学 |
生物信息学
分类 |
软件名称 |
版本 |
免费开源/商业 |
软件功能特点 |
计算生物学 |
Rosetta |
3.1 |
免费开源 |
蛋白设计 |
生物医学 |
Chaste |
3.3 |
免费开源 |
组织 |
生物医学 |
OpenCMISS |
0.3 |
免费开源 |
组织、器官 |
生物化学 |
COPASI |
4.15 |
免费开源 |
生物化学 |
细胞生物学 |
CellSys |
5 |
免费开源 |
细胞 |
生物信息学 |
shapeit |
v2.r790 |
免费开源 |
序列比对 |
分子生物学 |
cp2k |
2.6.0 |
免费开源 |
分子结构 |
生物信息学 |
impute |
2.3.2 |
免费开源 |
序列比对 |
分子生物学 |
Tinker |
7.1.2 |
免费开源 |
生物分子动力学计算 |
分子生物学 |
Modeller |
9.14 |
免费开源 |
蛋白质结构预测 |
生物信息学 |
BWA |
0.5.10-MIC,0.7.10 |
免费开源 |
序列比对 |
分子生物学 |
Nwchem |
6.5.0 |
免费开源 |
分子动力学和自由能模拟 |
生物信息学 |
BLAST |
2.2.30 |
免费开源 |
相似性序列比较和分析 |
生物信息学 |
Blat |
36 |
免费开源 |
序列比对 |
生物信息学 |
Bowtie |
2.2.6 |
免费开源 |
序列比对 |
生物信息学 |
BWA |
0.7.12 |
免费开源 |
序列比对 |
生物信息学 |
GMAP |
20160404 |
免费开源 |
序列比对 |
生物信息学 |
STAR |
2.5.1 |
免费开源 |
序列比对 |
生物信息学 |
hisat2 |
2.0.5 |
免费开源 |
序列比对 |
生物信息学 |
Tophat |
2.0.14 |
免费开源 |
序列比对 |
生物信息学 |
Velvet |
1.2.10 |
免费开源 |
序列组装 |
生物信息学 |
CNVnator |
0.3.2 |
免费开源 |
CNV检测和分析 |
生物信息学 |
CNVnator |
0.3.2 |
免费开源 |
CNV检测和分析 |
生物信息学 |
Cufflinks |
2.21.1 |
免费开源 |
转录组分析 |
生物信息学 |
GATK |
3.7 |
免费开源 |
变异检测和分析 |
生物信息学 |
SnpEff |
4.3 |
免费开源 |
变异注释 |
生物信息学 |
VarScan |
2.3.7 |
免费开源 |
变异检测和分析 |
生物信息学 |
XHMM |
20150320 |
免费开源 |
变异检测 |
生物信息学 |
BEAGLE |
2.1 |
免费开源 |
基因型检测和填补 |
生物信息学 |
HMMER |
3.1b2 |
免费开源 |
相似序列检索 |
生物信息学 |
IMPUTE2 |
2.3.2 |
免费开源 |
基因型填补 |
生物信息学 |
PLINK |
1.9 |
免费开源 |
全基因组关联分析 |
生物信息学 |
Samtools |
1.3.1 |
免费开源 |
NGS数据处理 |
生物信息学 |
Picard |
1.129 |
免费开源 |
NGS数据处理 |
生物信息学 |
FastQC |
0.11.5 |
免费开源 |
NGS数据质量控制 |
生物信息学 |
Sambamba |
0.6.6 |
免费开源 |
NGS数据处理 |
生物信息学 |
Cutadapt |
1.12 |
免费开源 |
NGS数据筛选 |
数据处理和统计分析 |
Rstudio |
1.2.1335 |
免费开源 |
基于网页的R语言集成开发环境 |
药物设计
分类 |
软件名称 |
版本 |
免费开源/商业 |
软件功能特点 |
生物医药 |
AutoDock |
4.2 |
免费开源 |
分子对接 |
生物医药 |
AutoDock Vina |
1.1.2 |
免费开源 |
分子对接 |
生物医药 |
smina |
1.1.2 |
免费开源 |
分子对接 |
生物医药 |
idock |
2.2.3 |
免费开源 |
分子对接 |
生物医药 |
DOCK 6 |
6.9 |
免费开源 |
分子对接 |
生物医药 |
rDock |
2013.1 |
免费开源 |
分子对接 |
生物医药 |
MEGADOCK |
4 |
免费开源 |
分子对接 |
生物医药 |
ZDOCK |
3.0.2 |
免费开源 |
蛋白对接 |
生物医药 |
Gromacs |
2019 |
免费开源 |
分子动力学 |
生物医药 |
AmberTools |
19 |
免费开源 |
分子动力学 |
生物医药 |
HTMD |
1.24.0 |
免费开源 |
分子动力学 |
生物医药 |
NAMD |
2.13 |
免费开源 |
分子动力学 |
生物医药 |
OpenMM |
6.1 |
免费开源 |
分子动力学 |
生物医药 |
LAMMPS |
2016 |
免费开源 |
分子动力学 |
生物医药 |
MMTK |
|
免费开源 |
分子动力学 |
生物医药 |
MSMBuilder |
3.8 |
免费开源 |
分子动力学 |
生物医药 |
packmol |
|
免费开源 |
分子动力学 |
生物医药 |
PDB2PQR |
2.0 |
免费开源 |
分子动力学分析 |
生物医药 |
PyEMMA |
2.5.6 |
免费开源 |
分子动力学分析 |
生物医药 |
PyRED |
|
免费开源 |
分子动力学分析 |
生物医药 |
pytraj |
2.0.2 |
免费开源 |
分子动力学分析 |
生物医药 |
MDAnalysis |
0.19 |
免费开源 |
分子动力学分析 |
生物医药 |
MDTraj |
1.9.3 |
免费开源 |
分子动力学分析 |
生物医药 |
simpletraj |
0.5 |
免费开源 |
分子动力学分析 |
生物医药 |
WHAM |
2.0.9 |
免费开源 |
分子动力学分析 |
生物医药 |
4D-FAP |
2011 |
免费开源 |
描述符计算 |
生物医药 |
BlueDesc |
2008 |
免费开源 |
描述符计算 |
生物医药 |
MolSig |
1.0 |
免费开源 |
描述符计算 |
生物医药 |
PaDEL-descriptor |
1.0 |
免费开源 |
描述符计算 |
生物医药 |
TMACC |
2007 |
免费开源 |
描述符计算 |
生物医药 |
Open3DQSAR |
2.3 |
免费开源 |
QSAR |
生物医药 |
AZOrange |
0.1 |
免费开源 |
QSAR |
生物医药 |
Open3DGRID |
2.3 |
免费开源 |
QSAR |
生物医药 |
camb |
1.0 |
免费开源 |
QSAR |
生物医药 |
ABINIT |
8.10.3 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
ACES |
3.0 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
BigDFT |
1.8.3 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
CP2K |
6.1 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
DACAPO |
2.7.7 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
ErgoSCF |
3.3.1 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
GPAW |
1.5.2 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
JANPA |
2.0.1 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
NWChem |
6.8.1 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
OpenMX |
3.8 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
Psi4 |
1.3.2 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
pyscf |
1.7 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
Quantum espresso |
6.4.1 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
Siam Quantum |
1.2 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
RMG |
3.0 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
MPQC |
4.0 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
FragIt |
1.8 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
cclib |
1.6.1 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
GaussSum |
3.0 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
Nancy_EX |
2.0 |
免费开源 |
量子化学 |
生物医药 |
ORBKIT |
1.0 |
免费开源 |
量子化学 |
